Als Bielefeld den Aufstieg in die Bundesliga verpasst, wechselt Helmer 1986 zu Borussia Dortmund, wo er schnell zu einem der Leistungsträger wird. Drei Jahre später holt er mit Dortmund auch den ersten Titel seiner Karriere: Durch den Endspielsieg gegen Bremen gewinnt er den DFB-Pokal. Hier trifft Helmer 1995 im Trikot des FC Bayern auf seinen Ex-Klub (links Heiko Herrlich, rechts Steffen Freund).